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广州维伯鑫生物科技有限公司

环状RNA:看完此文,希冀对您的课题有所赞助

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随着新技术允许科学家们深切钻研基因组和外显子组,一类新的称为环状RNA(circular RNA, circRNA)的RNA可以或许发挥着一种有趣的作用。


正在一项新的钻研中,来自美国密歇根大学的研究人员对多种癌症中的circRNA住手了编目,并住手了劈头钻研,注解这些稳定的组织可以或许作为血液或尿液中的癌症生物符号物。相关钻研结果公布正在2019年2月7日的Cell期刊上,论文问题为“The Landscape of Circular RNA in Cancer”。

图片来自Cell, 2019, doi:10.1016/j.cell.2018.12.021


circRNA是一种非编码RNA,它们组成闭合的环状组织而不是线性组织。新的RNA测序方法曝光了这些circRNA,但是人们对它们起作用的启事或体式格式知之甚少。不过它们的稳定组织使得它们成为癌症生物符号物的梦想候选东西。

这项新的钻研一定了癌症中的circRNA目录,从而为未来的钻研构建了一个数据库。论文合营通讯作者、密歇根大学转化病理学中心主任Arul M. Chinnaiyan博士讲,“我对circRNA作为非侵入性生物符号物的潜力感到非常镇定。鉴于它们的稳定性,我们可以或许能够大概正在癌症患者的血液或尿液中检测到它们。那可以或许对癌症的诊断或预后有用。”

作为MiONCOSEQ项目的一部分,这些研究人员从800多个肿瘤样本中发清楚明了circRNA。他们证实为MiONCOSEQ项目拓荒的捕获RNA测序正在检测circRNA方面比现有方法越发强大。

Chinnaiyan讲,“这类捕获方法可以或许是有限的,那是因为它基于我们用来捕获RNA的探针。但是,全外显子组捕获方法使得它具有严峻的意义。我们经过历程这类体式格式捕获大量的RNA。那就是为何我们能够大概核定出如此多的之前实在不知道的circRNA。”

这类技术仅需少量总RNA便能够大概核定出circRNA。那意味着它们可以或许正在RNA被稀释的中心被检测到,比如血液或尿液。

别的,这些研究人员借核定出几种正在前列腺癌组织中发现的circRNA。经过历程评价来自前列腺癌细胞的circRNA,他们发现它们比线性RNA更稳定。它们也可正在尿液样品中检测到。

Chinnaiyan讲,“我们能够大概证实这些circRNA存在于尿液中并且来自前列腺癌的circRNA可被检测到。我们未来的钻研将讨论这些circRNA作为尿液或血液中的癌症生物符号物。”

这些研究人员将他们的钻研结果转变为一个名为MiOncoCirc的数据库,这个数据库对肿瘤样本中报导的circRNA住手编目。这类资源可供科学家们应用,有助于拓荒新的癌症生物符号物

 

参考资料:Josh N. Vo et al. The Landscape of Circular RNA in Cancer. Cell, 2019, doi:10.1016/j.cell.2018.12.021.


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环状RNA(circular RNA,circRNA)是最近发现的一类特其余非编码RNA,它大量存在于真核细胞胞质内,主要由pre-mRNA经过历程可变剪切加工发作。 频年钻研发现,circRNA具有很多重要的调控服从,歧,circRNA可以或许作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)结合胞内miRNA,阻断miRNA对其靶基因的遏止作用。除此以外,circRNA也具有调控其他类型RNA、调理蛋白质活性等服从。circRNA正在差异物种中具有保守性,而且存在组织表达差异,且circRNA的环状组织对RNase不敏感,以致它比线性RNA越发稳定,这些特性使得circRNA具有拓荒疾病新型诊断与治疗方法的巨大潜力,钻研意义严峻。

 

效力内容:

1)环状RNA生物信息学瞻望

2) 环状RNA下通量测序

3)环状RNA表达丰度检测

4)FISH 检测环状RNA的亚细胞定位

5)NorthernBlot 检测环化RNA的存在

6)环状RNA的过表达执行(Gain of function)

7)环状RNA服从缺失执行(Loss of function )

8)环状RNA与miRNA互做结合生物瞻望及执行考据

9)环状RNA与miRNA相互作用瞻望钻研

10)环状RNA与卵白相互作用钻研

circRNA的组成(A)和作用机制(B)

 

重要意义:

正在对circRNA 组织和服从钻研的基础上,有研究人员发现它们正在动脉粥样硬化,神经系统芜杂,糖尿病和肿瘤等疾病发生发火进程中,发挥非常重要的作用。对环状RNA钻研具有重要的意义:

1)circRNA独具的竞争性内源(ceRNA)特性可为药物拓荒供给新的思路;

2)circRNA的组织特异性和稳定性有可能使circRNA成为一种优胜的生物符号物;

3)circRNA 的钻研为生命的退化钻研供给新的倾向。

 

circRNA相关数据库:

circBase: http://www.circbase.org/

circNET: http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/

StarBase V2: http://deepbase.sysu.edu.cn/

CircInteractome: http://circinteractome.nia.nih.gov/

Circ2Traits: http://gyanxet-beta.com/circdb/

CSCD: http://gb.whu.edu.cn/CSCD

exoRBase: http://www.exoRBase.org 

 

 

 

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